ในประเทศไทยเชื้อมาลาเรียชนิดฟัลซิพารัมดื้อต่อยาต้านมาลาเรียที่ชื่อว่าคลอโรควินและซัลฟาดอกซินไพริเมทามีน ดังนั้นจึงไม่ควรนำยาทั้ง ๒ ชนิดดังกล่าวมาใช้รักษาผู้ป่วยโรคมาลาเรียฟัลซิพารัมในประเทศไทยแต่ยังคงใช้รักษาในประเทศอื่น ๆ บางประเทศได้ ส่วนเชื้อมาลาเรียชนิดไวแวกซ์ยังคงไวต่อยาคลอโรควินและยาไพรมาควินจึงสามารถใช้ยาดังกล่าวได้
ในผู้ป่วยที่ไม่มีอาการรุนแรงและไม่มีภาวะแทรกซ้อน การให้ยารับประทานก็เพียงพอโดยอาจให้ยาลดไข้ก่อนให้ยาต้านมาลาเรียและให้ยารักษาตามอาการ เช่น ยาแก้คลื่นไส้ ที่สำคัญควรแนะนำผู้ป่วยให้แจ้งแก่เพื่อนที่ร่วมเดินทางไปในถิ่นที่มีโรคมาลาเรียให้ไปรับการตรวจวินิจฉัยด้วยเช่นกันถ้ามีไข้หรือรู้สึกว่าไม่สบายเพื่อจะได้รับการรักษาอย่างรวดเร็ว
สำหรับผู้ป่วยโรคมาลาเรียฟัลซิพารัมที่ไม่เคยเป็นมาก่อนและมีเม็ดเลือดแดงติดเชื้อตั้งแต่ร้อยละ ๒ ขึ้นไปหรือพบเชื้อมาลาเรียตัวแก่ในเลือด รวมทั้งผู้ป่วยหญิงมีครรภ์หรือผู้ป่วยเด็กเล็กหรือผู้ป่วยที่มีภาวะแทรกซ้อนควรให้การรักษาในโรงพยาบาลโดยให้ยาอาร์ทีซูเนตร่วมกับยาเมโฟลควินหรือให้ยาควินินร่วมกับยาดอกซีไซคลิน ทั้งนี้ควรคำนึงว่ายาดอกซีไซคลินนั้นห้ามใช้ในหญิงมีครรภ์และเด็กอายุต่ำกว่า ๘ ปี ผู้ป่วยโรคมาลาเรียไวแวกซ์และโรคมาลาเรียโอวาเลให้ยาคลอโรควินร่วมกับยาไพรมาควินส่วนผู้ป่วยโรคมาลาเรียมาลาเรียอีและโรคมาลาเรียโนวล์ไซให้ยาคลอโรควินเพียงอย่างเดียว
หรือรายที่มีภาวะแทรกซ้อนต้องให้ยาฉีด คือ ยาอาร์ทีซูเนตร่วมกับยาเมโฟลควินหรือให้ยาควินินร่วมกับยาดอกซีไซคลิน สำหรับยาควินินนั้นกำจัดเชื้อในเลือดได้ช้ากว่ายาอาร์ทีซูเนตและผู้ป่วยที่ได้รับยาควินินจะเกิดภาวะแทรกซ้อนได้มากกว่า เช่น ภาวะน้ำตาลในเลือดต่ำ ปัสสาวะมีสีดำคล้ำ ทั้งนี้ผู้ป่วยที่มีอาการรุนแรงจะต้องให้การรักษาแบบประคับประคองตามความจำเป็น
การรักษาผู้ป่วยโรคมาลาเรียต้องให้เป็นไปตามแนวการรักษาของเชื้อแต่ละชนิดโดยเร็วที่สุด หน่วยงานที่ให้การบำบัดรักษา ได้แก่